项目的主要目标，是基于河南省新农合业务，构建符合河南省新农合大病保险管理需求的综合性业务和管理服务体系，并通过信息化支撑平台，实现管理机构、医疗服务机构、商业保险运营机构和社会居民群体间的业务协同、数据共享、信息透明；通过标准和规范的制定与落实，完成与已有新农合业务的无缝衔接，实现业务信息双向互联互通。

综合医院HIS管理系统，包含一个大型综合性医院所有科室所需模块，如：门诊医生站、住院医生站、护士站、门诊挂号、住院管理、药房、药库、一卡通等，实现了医院的信息自动化和无纸化办公。 HIS系统对接省、市、县级医保报销系统和新农合报销系统，可以实现即时结算或者患者垫付后回当地结算。

河南省基层医疗信息化，主要使用的系统为医院HIS系统、村医管理系统、健康档案管理系统等，各个系统之间数据互通困难，监管困难，河南省基层医疗云平台实现了多平台的统一登录，数据互通，乡镇卫生院可以统一监管镇下的所有村医，县卫生局也能统一监管县下所有乡镇，直到省级监管部门，实现了全省数据互通，统一监管。 河南省基层医疗云平台还实现了国家和省级卫生部门下发的各种目录的维护，使得全省数据统一化。