第二代支付系统是我国最重要的金融基础设施之一，它包括大额实时支付系统、小额批量支付系统、网上支付跨行清算系统、支票影像交换系统、境内外币支付系统、电子商业汇票系统、行名行号管理系统、业务监控系统以及统计分析系统等多个子系统。 2013年10月6日，第二代支付系统在全国正式投产运行。第二代支付系统是中国人民银行立足第一代支付系统的成功经验，引入先进的支付清算管理理念和技术，建设的全国统一的中央银行支付清算服务平台。第二代支付系统适应新兴电子支付发展、面向参与者管理需要、功能更完善、架构更合理、技术更先进、管理更简便，其核心是清算账户管理系统，业务应用系统包括大额支付系统、小额支付系统和网上支付跨行清算系统，辅助支持系统包括公共控制管理系统和支付管理信息系统。

电子商业汇票系统是由中国人民银行批准建立的，依托网络和计算机技术，接收、登记、转发电子商业汇票数据电文，提供与电子商业汇票货币给付、资金清算行为相关服务并提供纸质商业汇票登记查询和商业汇票公开报价服务的综合性业务处理平台。由中国人民银行建设并管理的全国电子商业汇票系统的建成运行，标志着我国票据市场迈入电子化时代。ECDS运行一年来，顺利实现了业务全流程办理，商业银行基本确立了电子票据业务处理模式，全国电子票据业务呈现良好发展势头，主要商业银行积极推动电子票据业务开展。但同时，ECDS的推广应用也面临电子票据法规制度尚不完善、电子票据流动性不足和业务发展不均衡等问题，应通过健全法规制度、改进技术手段、加强政策引导等途径，提高电子票据业务的发展水平。

中国人民银行项目，境内外币支付系统，曾经负责系统的需求分析，概要设计，运维。境内外币支付系统由中国人民银行牵头建设，由清算总中心集中运营，由直接参与机构等单一法人集中接入，采用“Y”型信息流结构，由外币清算处理中心负责对支付指令进行接收、清算和转发，由代理结算银行负责对支付指令进行结算。外币清算处理中心主要功能包括外币支付报文收发，圈存资金和授信额度管理，对外币支付进行逐笔实时清算，对可用额度不足的外币支付进行排队管理，对清算排队业务进行撮合，管理清算窗口，分币种分场次向代理结算银行提交清算结果。 代理结算银行的主要功能包括为参与者开立外币结算账户，提供日间授信，圈存资金和授信额度管理，根据清算结算进行记账处理，日终对账。