利用open mp和winThread开发DirectAlignment多线程比对算法，综合采用线程的同步和异步实现，实现超高速读写大文件和处理大数据比对运算。主要基于bwt算法和哈希表，利用字符编码和字符压缩建立k-mer库，采用bitmap加速全局比对速率，在局部回溯时，采用动态规划和启发式算法，使用SSE加速，利用改进的LD编辑距离（SW和NW）和LCS算法找出字符串的相似度，通过GPU加速，充分发挥CPU和GPU的异步执行效率，利用多GPU阵列加速运算，加速的同时，降低了服务器的成本，利用C/C++技巧优化加速比对细节，优化硬件架构，比对速度超越主流比对软件水平，并可以提升15%-30%的有效数据，软件已经发布。