在医学诊断领域，国内大部分公司只能在细胞层级进行分析，但像亲子鉴定，疑难杂症的致病基因分析，就需要首先得到人的基因序列才行。Illumina公司首先开发出了基因测序设备填补了业界的空白，但是采购illumina的设备成本。试剂成本非常的高，所以国内的很多人开始了基因测序仪的开发。基因测序仪包括化学反应控制系统，光学成像系统，图像分析系统。 基因测序仪的基本原理就是不同种类的碱基会跟不同的荧光物质结合，从而在显微镜下发出不同颜色的光，可以通过测序阶段FlowCell上簇的图像，来推断出当前对应的碱基是AGTC的哪一个。光学成像系统的主要任务就是采集得到化学反应过程中FlowCell上簇的图像，为以后的图像分析打下基础。
因为芯片本身采用了光刻打孔技术，所以簇都是分布一个一个打好的孔中，最终的图像看到就是一个一个的亮点分布在整个FlowCell之上。通过提取每一个亮点的图像特征，积累到了海量的基因图像数据，然后通过机器学习算法，分析得到基因的成像规律。