WCS对每种设备的控制大致归纳为两个层次：设备控制层、设备通信层。这种划分相当于把设备的通用控制逻辑抽象到设备控制层中，而设备通信层则只负责不同设备的连接。物流流程的执行逻辑从上层经过中间层的协议打包转化成直接的特殊设备控制指令发到具体的物流设备中，物流设备的状态则从反方向传到上层。通过对每种设备的抽象分层后。各层的功能相对独立。整仓库设备控制系统包含的主要功能模块为设备集成控制模块。
设备集成控制模块用于智能搬运设备集成控制。一方面，它接收系统出入库指令，并将其发送给 PLC，从而驱动升降机、AGV、自动输送线等相关物流设备产生相应动作。另一方面，它将设备运行的状态及数据实时反馈给系统，包含任务管理、作业调度、设备通信、设备监控、运行日志、异常处理等功能。