第二代支付系统是我国最重要的金融基础设施之一，它包括大额实时支付系统、小额批量支付系统、网上支付跨行清算系统、支票影像交换系统、境内外币支付系统、电子商业汇票系统、行名行号管理系统、业务监控系统以及统计分析系统等多个子系统。
2013年10月6日，第二代支付系统在全国正式投产运行。第二代支付系统是中国人民银行立足第一代支付系统的成功经验，引入先进的支付清算管理理念和技术，建设的全国统一的中央银行支付清算服务平台。第二代支付系统适应新兴电子支付发展、面向参与者管理需要、功能更完善、架构更合理、技术更先进、管理更简便，其核心是清算账户管理系统，业务应用系统包括大额支付系统、小额支付系统和网上支付跨行清算系统，辅助支持系统包括公共控制管理系统和支付管理信息系统。