基于 De Bruijin Graph 的基因组快速测序组装算法

我要开发同款
开发者王兵2023年07月13日
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所属分类SCI、生物信息、算法、基因组

作品详情

2014 年在威斯康辛大学麦迪逊分校做生物信息访问学者时完成的项目,一种快速的基因组测序组装算法。
基于 De Bruijn graph 的组装算法:Velvet(Pair-End 序列),Allpath-LG(Mate-Pair 序列),以及种系发生树分析:MEGA 生成种系发生树,PAML dn/ds 参数估计,基因非同义突变率逻辑斯蒂回归分析。
发表论文:Baker E, Wang B, et al. The GenomeSequence of Saccharomyces eubayanus and the Domestication of Lager-BrewingYeasts. Molecular Biology and Evolution. 2015;32(11):2818-2831.
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