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基于 De Bruijn graph 的组装算法:Velvet(Pair-End 序列),Allpath-LG(Mate-Pair 序列),以及种系发生树分析:MEGA 生成种系发生树,PAML dn/ds 参数估计,基因非同义突变率逻辑斯蒂回归分析。
发表论文:Baker E, Wang B, et al. The GenomeSequence of Saccharomyces eubayanus and the Domestication of Lager-BrewingYeasts. Molecular Biology and Evolution. 2015;32(11):2818-2831.
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