图像基因测序算法就是从荧光信号的产生到碱基序列的识别这一过程，主要包括图象校正（即空间校正）、簇的识别、荧光校正（即光学校正）、phasing/prephasing（即化学校正）、碱基识别、PF、质量评估等7个步骤。（由于保密，不详细阐述，见谅）
分析的目的有两个：(1)对每一个簇(cluster)进行识别，确定其坐标；(2)提取每个簇分别在A、G、C、T四个波长的信号强度值。最终通过每个cycle采集S1和S2共两张图像，通过荧光强度将cluster点分为亮点（1）和暗点(0)，这里将A、G、C、 T4种碱基通过（1，0）、（0，0）、（0，1）、（1，1）表示。

该算法最终测序结果PF值达到90%以上，Q30值达到92%以上，Q20值达到96%以上。