AlphaFold DeepMind 人工智能系统开源项目

我要开发同款
匿名用户2021年07月20日
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开发技术Python
所属分类人工智能、机器学习/深度学习
授权协议Apache-2.0

作品详情

AlphaFold是DeepMind开源的人工智能系统,借助AlphaFold可以更加准确的预测蛋白质的形状。主要应用于医疗保健和生命科学领域,有可能加速药物的研究与发现。

首次设置

要想运行AlphaFold,需要进行以下步骤:

安装Docker;安装英伟达容器工具包以支持GPU;设置以非root用户身份运行Docker;下载遗传数据库;下载模型参数;检查AlphaFold是否能够通过运行来使用GPU;dockerrun--rm--gpusallnvidia/cuda:11.0-basenvidia-smi遗传数据库

这一步需要在你的机器上安装rsync和aria2c,AlphaFold需要多个遗传(序列)数据库来运行。

UniRef90;MGnify;BFD;Uniclust30;PDB70;PDB(mmCIF格式的结构);

提供一个脚本scripts/download_all_data.sh,可以用来下载和设置所有这些数据库。这应该需要8-12小时。

注意:总下载量约为428GB,解压后总大小为2.2TB。请确保你有足够大的硬盘空间、带宽和时间来下载。

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