AlphaFold是DeepMind开源的人工智能系统,借助AlphaFold可以更加准确的预测蛋白质的形状。主要应用于医疗保健和生命科学领域,有可能加速药物的研究与发现。
首次设置要想运行AlphaFold,需要进行以下步骤:
安装Docker;安装英伟达容器工具包以支持GPU;设置以非root用户身份运行Docker;下载遗传数据库;下载模型参数;检查AlphaFold是否能够通过运行来使用GPU;dockerrun--rm--gpusallnvidia/cuda:11.0-basenvidia-smi遗传数据库这一步需要在你的机器上安装rsync和aria2c,AlphaFold需要多个遗传(序列)数据库来运行。
UniRef90;MGnify;BFD;Uniclust30;PDB70;PDB(mmCIF格式的结构);提供一个脚本scripts/download_all_data.sh,可以用来下载和设置所有这些数据库。这应该需要8-12小时。
注意:总下载量约为428GB,解压后总大小为2.2TB。请确保你有足够大的硬盘空间、带宽和时间来下载。
评论