Bio4j 生物信息学图数据库开源项目

我要开发同款
匿名用户2011年12月09日
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开发技术Java
所属分类教学科研相关、企业应用、图数据库
授权协议AGPL

作品详情

Bio4j是一个基于生物信息学图的数据库,包括UniProtKB(SwissProt+Trembl),基因本体论(GO)的,UniRef(50,90,100)的RefSeq,和NCBI分类中的大多数数据。

Bio4j看起来有些吓人,所有这些存储库都具有类似的名称。

bio4j/bio4j在此存储库bio4j/bio4j中,您将找到通用的Bio4j模型和API。使用类型化的属性图模型对实体,关系及其属性进行建模。例如,存在Protein或的顶点类型GoTerm,以及GoAnnotation从Protein到的边类型GoTerm。该曲线图的模式被分离成不同的图形中,对应于不同的数据源(UniProt,Go,UniRef,...)和连接在它们之间(UniProtGo,UniProtUniRef,...)。

该API基于bio4j/angulillos,使您可以在此图模式上编写泛型类型的遍历:

protein.uniref50Member_outV().map(UniRef50Cluster::uniRef50Member_inV).map(prts->prts.map(Protein::goAnnotation_outV));稍后可以在特定的后端上执行。

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