通过ncbi的run列表编号利用Aspera来下载fastq文件,通过EBI-ENA数据库

我要开发同款
proginn16020226532024年04月22日
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开发技术python

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通过ncbi的run列表编号利用Aspera来下载fastq文件,通过EBI-ENA数据库,在这之前都是用ncbi的官方工具sratoolkit,使用prefetch下载,用着除了慢一点还挺简单方便的,但是在大批的sra文件下的话就显得力不从心了,之后为了快点就了解了Aspera,看着比http快得不是一点两点,简直是一个天上一个地下。后面了解到服务器用Aspera下载会出现连接服务器超时的问题,一直得不到解决。但是查阅了很多教程发现构造下载地址的只有linux系统的shell脚本,后面就想着弄一个脚本在Windows上用Aspera下载(基于python)
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