统计分析：

t检验和ANOVA：比较多个样本组之间的差异。
非参数检验：如Wilcoxon秩和检验，用于非正态分布的数据。
多重检验校正：如Bonferroni校正和Benjamini-Hochberg方法，用于控制假阳性率。
基因表达分析：

DESeq2和edgeR：用于RNA-Seq数据的差异表达分析。
limma：用于微阵列数据和RNA-Seq数据的线性模型分析。
变异检测：

GATK和SAMtools：用于高通量测序数据的变异检测和注释。
VCFtools：用于处理和分析VCF格式的变异数据。
基因功能富集分析：
GO（Gene Ontology）分析：用于分析基因功能分类。
KEGG：用于代谢通路分析。
DAVID和Enrichr：用于基因集富集分析。