统计分析:
t检验和ANOVA:比较多个样本组之间的差异。
非参数检验:如Wilcoxon秩和检验,用于非正态分布的数据。
多重检验校正:如Bonferroni校正和Benjamini-Hochberg方法,用于控制假阳性率。
基因表达分析:
DESeq2和edgeR:用于RNA-Seq数据的差异表达分析。
limma:用于微阵列数据和RNA-Seq数据的线性模型分析。
变异检测:
GATK和SAMtools:用于高通量测序数据的变异检测和注释。
VCFtools:用于处理和分析VCF格式的变异数据。
基因功能富集分析:
GO(Gene Ontology)分析:用于分析基因功能分类。
KEGG:用于代谢通路分析。
DAVID和Enrichr:用于基因集富集分析。